Точная дата основания монастыря неизвестна. Есть легенда, что основал его Юрий Долгорукий. А есть мнение учёных, что монастырь появимлся не ранее XV века. К этому веку относится дата (1462 год), вырезанная на каменном кресте, который нашли в Алексеевском приделе Борисоглебского собора (в наше время этот крест хранится в краеведческом музее Дмитрова), и первое письменное упоминание монастыря - в завещании князя Юрия Васильевича (1472).
Старейшее из зданий монастыря - каменный собор Бориса и Глеба, выстроенный, согласно вкладной плите из его стены, до 1537 года.
В середине XVII века к нему пристроили западную паперть и трёхъярусную колокольню с часами, в 1656 на средства жены стольника А. И. Чаплина поставлен одноглавый Алексеевский придел (кстати, многие представители рода Чаплиных похоронены на территории монастыря):
В 1652—1664 монастырь приписан к новгородскому Архиерейскому дому, с 1682 по 1725 — к Заиконоспасскому монастырю. В 1672 он пережил сильный пожар, который способствовал перестройке монастыря в камне: в 1672—1687 выстроен комплекс Святых ворот с Никольской церковью и братские кельи, в 1685—1689 возведена ограда высотой 4 м и толщиной 90 см с четырьмя угловыми башенками. В 1702 возводится больничная Покровская церковь, упразднённая ещё до начала XX века.
Святые ворота с Никольской церковью XVII века (несколько перестроена в более позднее время):
Ограда с кельями и башенками XVII века (с переделками более позднего времени):
Среди упомянутых переделок XIX века наиболее заметная - новое завершение колокольни при Соборе Бориса и Глеба:
