Монастырь основан в 1557 году и первоначально имел две деревянные церкви - Преображенскую и Никольскую. Уже в 1560-е годы Никольская церковь (церковь Николы Ратного) возведена в камне, в 1596 году - вновь перестроена. Сгоревшая после пожара 1579 года Преображенская церковь была перестроена в камне в 1586-89 и 1595—1601 годах.
В 1670-х годах построен сохранившийся до нашего времени Братский корпус (хотя в XVIII-XIX веках к нему были пристроены другие здания, внешне его облик не сильно пострадал).
Спасо-Преображенский монастырь горел в пожарах 1742, 1749, 1757 и 1797 годов. До остовов стен выгорела святая обитель в самом страшном для Казани пожаре 1815 года, когда пострадал и кремль. Но каждый раз монастырь отстраивался вновь.
Преображенский собор XVI века был разрушен в 1920-х годах (остался лишь фундамент). Сохранились лишь Церковь Николы Ратного (нынешнее здание относится к XIX веку), древний братский корпус, стены XIX века, а также фундамент Спасо-Преображенского собора и пещерки-некрополя при нём. Ныне ведутся восстановительные работы, хотя, насколько я понимаю, здания будут приспособлены не под монастырь, а под музей.
